Precisei enviar um diretório para um FTP com várias subpastas e arquivos.

Usando o ftp tradicional seria muito trabalhoso. Então depois de um minutinho procurando, achei o programinha pra enviar a pasta e todos os arquivos recursivamente.

Primeiro instalar, claro:

$ sudo apt-get install ncftp

Para enviar a pasta segue o comando:

ncftpput -R -v -u “usuario” -p “senha” ftp.server /pasta/server/destino /pasta/local

Onde:

-R  -> recursivo
-v  -> verbose, mostra o que está fazendo
-u  -> nome do usuário
-p  -> senha
ftp.server  -> endereço do ftp
/pasta/server/destino -> pasta para onde será copiada a pasta local
/pasta/local -> a pasta a ser copiada

É isso!

Fonte: http://www.cyberciti.biz/tips/linux-upload-the-files-and-directory-tree-to-remote-ftp-server.html